Le Crédit d’impôt recherche, mode d’emploi

Le crédit d’impôt recherche (CIR) constitue pour les entreprises un soutien fiscal essentiel pour effectuer leur R&D. Depuis sa création, et en dépit des réformes successives, il a fait la preuve de son efficacité. Découvrez comment l'utiliser...

L’Etat a souhaité, depuis plusieurs années, apporter son soutien à la recherche et au développement (R&D) des entreprises en mettant en place un Crédit d’impôt recherche (CIR). Son montant est de 30 % dans la limite de 100 millions d’euros, puis de 5 % des dépenses réalisées, sans limitation.
Pour les entreprises qui déclarent pour la première fois, ce taux est de 40 % la première année, puis de 35 % la seconde depuis le 1er janvier 2011 (lire : Crédit impôt recherche : des précisions importantes).

Comment ça marche ?

Le CIR est un crédit d’impôt calculé sur l'année civile. Cela signifie que si l’impôt dû - sur le revenu ou sur les sociétés - est inférieur au montant du crédit d'impôt, l'excédent de crédit d'impôt constitue au profit de l'entreprise une créance sur l'Etat d'égal montant. Toutefois, cette créance est utilisée pour le paiement de l'impôt sur le revenu des trois années suivantes puis, s'il y a lieu, la fraction non utilisée est remboursée à l'expiration de cette période.
En d'autres termes, si l'entreprise ne peut imputer le CIR sur son impôt, le reliquat ne lui sera remboursé qu'au bout de 4 ans.
Dans certains cas néanmoins (PME, entreprises nouvelles, statut de jeune entreprise innovante, entreprises ayant fait l’objet d’une procédure de sauvegarde, d’un redressement ou d’une liquidation judiciaire), l’entreprise peut bénéficier d’un remboursement immédiat.

Ce dispositif fiscal est ouvert à toutes les entreprises industrielles, commerciales ou agricoles soumises à l’impôt, quels que soient leur taille, leur effectif et leur forme (individuelle, société artisanale, société à responsabilité limitée, société anonyme).

L’objectif du CIR est de d’accroître la compétitivité des entreprises françaises en finançant leurs dépenses de R&D. Celles-ci recouvrent :

1. la recherche fondamentale ;
2. la recherche appliquée ;
3. le développement expérimental qui représente dans les faits les trois-quarts de la R&D. Il est définit par le Code général des impôts (CGI) comme les recherches « effectuées, au moyen de prototypes ou d'installations pilotes, dans le but de réunir toutes les informations nécessaires pour fournir les éléments techniques des décisions, en vue de la production de nouveaux matériaux, dispositifs, produits, procédés, systèmes, services ou en vue de leur amélioration substantielle. Par amélioration substantielle, on entend les modifications qui ne découlent pas d'une simple utilisation de l'état des techniques existantes et qui présentent un caractère de nouveauté » (article 49 septies F de l’annexe III du CGI).

Les critères d’éligibilité

Attention, seules les opérations qui visent à dissiper des incertitudes scientifiques et/ou technologiques sont prises en compte dans le cadre du CIR. Les difficultés à résoudre doivent donc être nouvelles et ne pas avoir déjà donné lieu à des solutions.
Cela implique, pour l’entreprise, de connaître ce que l’on appelle « l’état de l’art », c’est-à-dire les connaissances accessibles au commencement des travaux et utilisables par l'homme du métier normalement compétent dans le domaine en cause, sans qu'il ait besoin de faire preuve d'une activité inventive.

Sept catégories de dépenses sont prises en compte pour le CIR :

1. les dotations aux amortissements : biens meubles et immeubles acquis à l’état neuf ou en crédit bail (bâtiments et matériel) ;
2. les dépenses de personnel concernant les chercheurs et techniciens affectés aux travaux de R&D sont celles qui concentrent la plus grande partie des dépenses de R&D.
   Sont concernés : les chercheurs (niveau docteur ou ingénieur) et les techniciens de niveau Bac + 2 qui travaillent avec les chercheurs pour assurer le soutien technique indispensable aux travaux de recherche.
   Les salariés qui, sans remplir les conditions de diplôme, ont acquis cette qualification au sein de leur entreprise, sont assimilés aux chercheurs et techniciens.
   Les jeunes docteurs(*), quant à eux, représentent un cas particulier. En effet, leurs dépenses peuvent être prises en compte pour le double de leur montant pendant les 24 premiers mois suivant leur recrutement, à la double condition :
   - que leur contrat de travail soit leur premier contrat à durée indéterminée en France ;
   - que l'effectif salarié de l'entreprise ne soit pas inférieur à celui de l'année précédente.
3. les dépenses de fonctionnement : elles sont fixées forfaitairement, donc sans aucun justificatif, et couvrent, notamment, les dépenses de personnel non éligibles au CIR, les dépenses administratives, les matières premières, etc. Elles sont fixées à 50 % des dépenses de personnel qui se rapportent aux chercheurs et techniciens de recherche, mais ce taux peut être porté à 200 % s’il s’agit de dépenses de personnel qui se rapportent à l’embauche d’un jeune docteur *, auxquelles s’ajoutent 75 % de la dotation aux amortissements des immobilisations affectées à la recherche ;
4. la recherche sous-traitée au sein de l’Union européenne (UE) ou dans un autre Etat de l’Espace économique européen, c’est-à-dire l’UE, plus la Norvège et l’Islande. En fonction du prestataire (organisme public de recherche, centre technique industriel, société privée, expert individuel…), le montant pris en compte peut être soit le montant réel dans la limite de trois fois le montant des autres dépenses de recherche avant application des plafonds, soit le double du montant ;
5. les frais (amortissement, dépôt, maintenance et dépense) de brevets et de COV (certificat d’obtention végétale) dans la limite de 60.000 euros par an ;
6. les dépenses de normalisation (uniquement la participation aux réunions officielles de normalisation dans les organismes de normalisation chargés d’élaborer les normes françaises, européennes et mondiales) ;
7. les dépenses de veille technologique engagées en interne dans la limite de 60.000 euros par an ;

Les dépenses de personnel retenues pour déterminer le crédit d'impôt correspondent au salaire brut chargé, divisé par le nombre d’heures travaillées (avec les congés payés). Elles comprennent :

1. les salaires proprement dits ;
2. les avantages en nature ;
3. les primes ;
4. les cotisations sociales obligatoires (sécurité sociale, assurance chômage, retraite complémentaire).

Mais attention, l’entreprise ne peut comptabiliser que le temps effectivement passé à la recherche. Les formations, les déplacements, les commandes de matériel, le recrutement, ou encore le temps passé pas le chercheur à rédiger ses rapports ne sont pas considérés par l’administration comme entrant dans le temps de la recherche.
Cela signifie qu’en cas de contrôle, l’entreprise devra faire la preuve de la réalité de cette recherche : « le poste comptabilisé à 100 % est, par définition, louche », avertissait Etienne Krieger, Président du Club Challenge + à HEC, à l’occasion d’une récente conférence consacrée au CIR et au statut de la jeune entreprise innovante.
De même, les chercheurs et techniciens affectés en cours d’année à des opérations de R&D ne peuvent être pris en compte qu’au prorata du temps effectivement consacré à ces opérations.

La réalisation et la mise à jour d’une feuille de temps constitue un bon moyen pour établir le temps réellement passé à la réalisation d’opérations de R&D, car elle est considérée comme un élément de preuve par l’administration. « Plus vous êtes précis, plus vous avez une traçabilité, mieux c’est », précise Christian Orfila, chargé de la division Crédit Impôt Recherche et aides fiscales au ministère de la Recherche, invité du Club Challenge +. Sous-entendu : moins l’administration cherchera la petite bête...

Attention, en revanche, à bien déduire de l’assiette du CIR :

1. les subventions publiques (européennes, d’Etat, du conseil régional ou général…), au prorata de l’encaissement et de leur affectation en R&D ;
2. les avances remboursables l’année de leur encaissement. Lorsque ces avances relatives à des projets de R&D sont effectivement remboursées, elles sont réintégrées dans l’assiette du CIR.
3. le montant des dépenses réalisées auprès de tiers au titre de prestations de conseil à concurrence d'une part du montant des sommes rémunérant ces prestations fixées en proportion du montant du crédit d’impôt pouvant bénéficier à l’entreprise et d'autre part, du montant des rémunérations forfaitaires excédant le plus élevé des deux montants suivant : soit 15.000 € HT, soit 5 % du total des dépenses éligibles minoré des
   subventions publiques reçues.

Le risque de contrôle fiscal

Le CIR est subordonné au dépôt d’une déclaration spéciale (formulaire n° 2069A) auprès du service des impôts dont dépend l’entreprise. Ce dépôt doit se faire en même temps que le relevé de solde pour les entreprises soumises à l'impôt sur les sociétés ou que la déclaration annuelle de résultats pour les entreprises assujetties à l'impôt sur le revenu.

En cas de doute sur la réalité de l’affectation à la R&D des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR, l’administration fiscale peut lancer un contrôle (lire l’encadré). Celui-ci s’inscrit alors soit dans le cadre des contrôles généraux de la comptabilité des entreprises, soit à l’occasion d’un contrôle ponctuel. L’intervention du ministère de la Recherche ou de la Délégation régionale à la recherche et à la technologie (DRRT) est alors obligatoire sur la nature des travaux. Ces derniers dépêcheront alors un expert : « Une discussion s’engage avec l’entreprise », explique Christian Orfila du ministère de la Recherche, qui précise toutefois qu’il ne s’agit pas de juger l’entreprise ou les personnes qui y travaillent.

Le droit de reprise de l’administration fiscale s’exerce jusqu’à la fin de la troisième année suivant celle du dépôt de la déclaration spéciale.

Devancer les problèmes éventuels…

Pour pouvoir répondre de manière satisfaisante à l’administration lors d’un contrôle, il est important de mettre en place, en amont et en temps réel, un suivi des projets de R&D et des moyens associés (comptes rendus et descriptifs des travaux effectués, justificatifs administratifs et comptables pour chaque poste). En effet, en cas de contrôle, « l’expert va regarder le dossier de l’entreprise. Or, souvent, il est mal rédigé », observe Christian Orfila. L’entreprise devra alors en constituer un nouveau, avec toutes les difficultés d’une telle démarche effectuée a posteriori…

Pour s’éviter le stress inhérent à un contrôle fiscal, l’entreprise a tout intérêt à s’assurer que ses dépenses seront effectivement éligibles au CIR. Pour ce faire, elle peut déposer, préalablement au démarrage des travaux, une demande d’avis préalable (ou rescrit fiscal) soit auprès de l’administration fiscale, soit directement auprès du ministère de la Recherche , d’Oseo ou de l’Agence nationale de la recherche (ANR). Attention, toutefois : si l'administration fiscale délivre gratuitement ce service, il n'en est pas forcément de même pour les autres acteurs. Ainsi, Oseo a évalué cette expertise à environ 1 % du montant du rescrit, soit 3000 euros en moyenne. En 2012 toutefois, les entreprises n'auront pas à payer ces frais d'expertise, l'organisme se contentant, dans un premier temps, d'informer le demandeur du montant des frais.

Quel que soit l'acteur qui délivre le rescrit fiscal, la réponse doit, dans tous les cas, parvenir à l’entreprise dans un délai de trois mois. Néanmoins, celle-ci n’est pas obligée d’attendre l'avis pour commencer ses travaux. Passé ce délai, l’avis est réputé favorable.
Si l'administration conclut à une absence d'anomalie, cette position peut par la suite lui être opposée : elle ne pourra alors procéder à des rehaussements d'impositions antérieures.
Si, au contraire, le contrôle fait apparaître des erreurs ou inexactitudes, omissions ou insuffisances dans les déclarations souscrites, le contribuable devra procéder à une régularisation. Mais celle-ci bénéficiera d’un intérêt de retard à taux réduit de 3 % (soit 0,28 % par mois).

L’entreprise peut également demander un avis une fois ses travaux de R&D terminés. La réponse doit elle aussi intervenir dans un délai de trois mois. En revanche, à défaut de réponse, l’avis n’est pas réputé favorable. Seule une réponse expresse peut engager l’administration fiscale.

Sachez que toutes ces démarches ont, de plus, l’avantage de sécuriser les investisseurs…Pour beaucoup de jeunes entreprises innovantes, le CIR constitue en effet une ressource essentielle, mais « la perspective d’un contrôle fiscal incite certains investisseurs à demander que les travaux de R&D soient réalisés et comptabilisés dans les règles de l’art », précise Etienne Krieger.

Nelly Lambert
Rédaction de NetPME
redaction@netpme.fr  

Pour en savoir plus sur le CIR : site du ministère de la Recherche 

Téléchargez nos outils de pilotage :
Estimation du crédit d'impôt recherche
Dossier de justification du CIR auprès de l'administration fiscale

En application du code de la propriété intellectuelle, toute reproduction totale ou partielle est strictement interdite sans autorisation écrite de NetPME.

Lire l'article Crédit d’impôt recherche : les principales retombées économiques

Lire l'article Crédit d'impôt recherche et contrôle fiscal : attention au dossier de justification !